倒置荧光显微镜是物镜和照明系统位置颠倒的显微镜，主要是为了适应生物学等领域中液基显微观察需要而设计。它在细胞培养、组织培养、浮游生物、环境保护、食品检验等应用中，被检物通常在培养皿或培养瓶等容器的溶液中，这就要求倒置显微镜的物镜和聚光镜要采用长工作距离设计，以便不接触容器就能观察和研究贴着容器内壁或者悬浮在溶液中的被检物。
倒置荧光显微镜和正置显微镜有什么区别？
区别1：外观区别
正置显微镜的物镜在载物台上方，透射光源在下方；而前者物镜在载物台下方，透射光源在上方，从外观上可以很容易区分两者。
区别2：物镜光学校正不同
正置显微镜的物镜是为很薄的盖玻片校准的，镜身相关标记是0.17之类很低的数值；前者是为较厚的载玻片、培养皿底部校正的，镜身相关标记会是1以上的数值。两者物镜因此无法通用，可以据此区分两者。
区别3：物镜工作距离不同
倒置显微镜通常用于观察溶液中的被检物，如培养液中的细胞，为了对焦溶液中的悬浮物，前者的物镜工作距离会比正置的大。
区别4：放大倍率差异
正置显微镜可以选择100X物镜，搭配10X目镜实现1000X高放大倍率；前者的物镜最大放大倍率只有60X，这是因为在100X时物镜几乎是贴着样品的，这个工作距离已经小于容器底部厚度，也就是说在对焦成功前物镜就已经撞上容器底部了，根本不可能对焦。
区别5：倒置标配相衬观察
前者常用于无色透明的活细胞观察，因此标配相衬环和相衬物镜以实现相衬观察，通常会有4X、10X、20X和40X四种放大倍率，还会有相衬物镜。正置显微镜要做相衬观察的话需要特殊的聚光镜配件，因此相衬的正置显微镜并不常见，而且标配物镜不包含相衬物镜。
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